インボイス制度の開始から3年が経過し、2026年10月1日をもって、免税事業者などインボイス発行事業者以外からの課税仕入れについて認められてきた「8割控除」の期間が終わります。当初は同日から控除割合が5割へ下がる予定でしたが、令和8年度税制改正で引き下げ幅が緩和され、適用期限も2年延長されました。代理店やフランチャイズ本部は、個人の販売代理店や施工・配送の協力会社、コールセンターや事務処理の委託先など、免税事業者である可能性のある取引先を多く抱えています。10月1日の直前に慌てないよう、いま確認しておきたい変更点を整理します。
何が変わるのか
免税事業者等からの課税仕入れについては、インボイスの保存がなくても仕入税額の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。この控除割合が、2026年10月1日を境に8割から7割へ引き下げられます。改正前は同日から5割へ下がり2029年9月末で終了する予定でしたが、改正により段階が細かくなり、終了時期も後ろへずれました。
控除割合のスケジュール
- 2026年9月30日まで……8割控除
- 2026年10月1日から2028年9月30日まで……7割控除
- 2028年10月1日から2030年9月30日まで……5割控除
- 2030年10月1日から2031年9月30日まで……3割控除
- 2031年10月1日以降……経過措置は終了し、控除できない
年間1億円の上限が設けられる
あわせて、同一の免税事業者等からの課税仕入れについて、年間1億円を超える部分は経過措置の対象外とする取扱いが設けられます。これは2026年10月1日以後に開始する課税期間からの適用となるため、3月決算であれば2027年4月からの事業年度が最初の対象です。特定の協力会社や配送委託先に発注が集中している場合は、年間の発注額が上限に近づいていないかを早めに把握しておくことが必要です。
判定は「取引日」で行う
8割控除と7割控除のどちらが適用されるかは、支払日や請求書の発行日ではなく、課税仕入れを行った日、すなわち取引日で判定します。9月末納品・10月支払いといった月またぎの取引では、支払日基準で処理すると誤った控除割合を適用してしまうおそれがあります。締め日が月末でない取引先がある場合はとくに注意が必要です。また、経過措置の適用には帳簿への一定の記載と書類の保存が要件とされている点は、従来どおり変わりません。
代理店・FC本部が施行前に整えておきたい実務
- 取引先の登録状況を棚卸しし、インボイス発行事業者と免税事業者等を区分した一覧を最新の状態に更新する
- 会計システムや販売管理システムが7割控除の税区分に対応しているかを確認し、必要に応じて更新とマスタ設定の変更を行う
- 9月末から10月初旬にかけての月またぎ取引について、取引日で控除割合を判定する運用になっているかを経理担当者と確認する
- 免税事業者との取引で控除できない部分が増えるため、その負担を誰がどう扱うのかを社内で整理する。なお、一方的に報酬や委託料を引き下げることは独占禁止法や下請法（2026年1月1日から中小受託取引適正化法）上の問題となるおそれがあるため、必ず協議のうえで決め、経過を記録に残す
- 同一の免税事業者等への年間発注額が1億円を超える見込みがないかを確認し、該当しそうな取引先については課税期間の開始時期とあわせて管理方法を決めておく
- 個人の販売代理店や業務委託先に対しては、制度変更の内容と今後の取扱いを事前に案内し、問い合わせ窓口を明確にしておく
まとめ
今回の見直しは、控除割合の引き下げ幅が当初予定より緩和された一方で、段階が増え、年間1億円の上限という新しい論点も加わりました。免税事業者との取引が多い代理店・FC本部ほど、システム設定と月またぎの判定、そして取引条件の見直しをどう進めるかが実務の焦点になります。制度の詳細や適用の可否については、国税庁が公表しているインボイス制度に関する資料およびQ&Aをご確認いただき、個別の税務処理については顧問税理士にご相談ください。委託先との取引条件の見直しや社内体制の整備についてお困りの代理店・本部の方は、日本代理店協会までお気軽にご相談ください。
